学校研究生教育始于1979年，是我国早期获准招收研究生的高等中医院校之一。1979年，成立湖南中医学院研究生办公室，后改为研究生科，归口于医教处管理。1983年，恢复为研究生工作办公室，归科研处管理，编制5人。1995年，科研处研究生工作办公室更名为研究生工作部。2000年，单独成立研究生处。2007年，根据学校规划，七年制本硕连读学生研究生阶段教育归研究生处管理，七年制管理办公室划归研究生处。2007年，学校党委将研究生支部从机关党总支分离，成立了研究生处党总支，现有7个党支部，其中1个职工支部,6个学生支部。2008年，设立研究生教育学院，与研究生部、研究生处三块牌子，一套班子。2008年9月，七年制教学管理办公室由教务处划归研究生处（部）管理。到2010年初，研究生处下属有研究生处办公室、招生办、培养办、学位办、学生办、七年制管理办公室6个职能科室，编制12人。2014年，成立研究生院，下设院办公室、招生办公室、培养教育办公室、学位管理办公室（博士后流动站管理办公室）、学生管理科五个职能科室。2019年12月17日，成立党委研究生工作部，与研究生院合署办公，党委研究生工作部下设教育管理办公室，研究生院下设机构调整为综合科、培养教育办公室、招生办公室、学位管理办公室。2020年，开始由实施研究生院统筹管理，二级培养单位组织实施的校院二级管理模式，在二级培养单位设置研究生辅导员和工作秘书，逐步优化、细化研究生管理工作，现共有研究生二级培养单位25个。2021年，博士后流动站管理办公室调整为组织人事部下设机构。2022年11月24日，取消党委研究生工作部，教育管理办公室调整为研究生院下设机构。

 我校自1979年开始招收硕士研究生，1986年获批设立博士学位授权点，是国务院学位委员会批准的第一批硕士学位授予单位和第三批博士学位授予单位。2010年获得优秀本科生推荐免试攻读硕士研究生资格。

 我校研究生教育以中医药特色为主体，基本实现了从单一的培养模式到多方位、多类型培养模式的跨越。现设有专业学位型硕士、学术学位型硕士、专业学位型博士、学术学位型博士四种类型培养模式。现有中医学、中西医结合、中药学3个博士后科研流动站，中医学、中药学和中西医结合3个一级学科博士学位授权点（二级学科博士学位授权点23个），中医学、中药学、中西医结合、药学、马克思主义理论、基础医学、护理学、临床医学和口腔医学9个一级学科硕士学位授权点（二级学科硕士学位授权点69个）；现有中医（含中西医结合）博士专业学位授权点，护理、口腔医学、临床医学、中医（含中西医结合）、公共管理、电子信息和生物与医药7个硕士专业学位授权点。

 我校现有博士生导师181人，硕士生导师1033人。在籍研究生共计3766人，其中硕士研究生3287人，博士研究生479人。国家级住院医师规范化培训基地13个，研究生二级培养单位25个，获批省级研究生科研创新基地49个，建立合作关系为社会输送了大批的中医药高层次人才，为祖国中医药事业的发展作出了重要贡献。

（数据截至2024年4月）